Δυσκολία και πρόκληση θεωρεί ο Μητροπολίτης Βασίλειος, πρόσφυγας και ο ίδιος από τις Μάνδρες Αμμοχώστου και από τη Μονή Αποστόλου Βαρνάβα, την απελευθέρωση της Κύπρου ολόκληρης και βέβαια της κατεχόμενης Αμμοχώστου, που αποτελεί ανοικτή πληγή.
Ο Μητροπολίτης Βασίλειος πρωτοστάτησε, τη δεκαετία του 2000, στην τέλεση λειτουργιών στα κατεχόμενα, δράση σημαντική, αφού στέλνει το μήνυμα της ενότητας και της ελπίδας. Αποτελεί κυρίως μια συνεχή μαρτυρία της παρουσίας του χριστιανισμού στις τουρκοκρατούμενες περιοχές.
Ιδιαίτερη ευαισθησία καταδεικνύει ο Μητροπολίτης Βασίλειος απέναντι στο θέμα της προστασίας των εκκλησιαστικών μνημείων στην κατεχόμενη επαρχία Αμμοχώστου και σε ζητήματα επαναπατρισμού εκκλησιαστικών θησαυρών που κλάπηκαν κατά την τουρκική εισβολή του 1974.
Η μεγάλη σημασία της διατήρησης της μνήμης και της παρουσίας και σύνδεσης των στελεχών κατεχόμενων ενοριών και προσφύγων της μητροπολιτικής περιφέρειας μεταξύ τους και με το έργο της Μητρόπολης επιτυγχάνεται με την πραγματοποίηση της ετήσιας Κληρικολαϊκής Συνέλευσης.
Αναφέρει ο Μητροπολίτης Βασίλειος κατά τη θεία Λειτουργία στην Ιερά Μονή Αποστόλου Βαρνάβα, τον Δεκέμβριο του 2021:
«Δυστυχώς, βίαια διακόπηκε η ζωή στη Μονή Αποστόλου Βαρνάβα, λόγω της τουρκικής εισβολής το 1974. Κάθε Κυριακή και μεγάλη εορτή ο μεγαλοπρεπής αυτός ναός ήταν ασφυκτικά γεμάτος από τους πιστούς που έρχονταν για να λειτουργηθούν και να εξομολογηθούν, από τα χωριά της γύρω περιοχής, από την πόλη της Αμμοχώστου και από ακόμη πιο μακριά. Διότι πάντοτε η μοναστηριακή πνευματικότητα και η τέλεση των ακολουθιών μέσα σε μία κατανυκτική ατμόσφαιρα εξυψώνουν τον άνθρωπο και έτσι βιώνοντας την πνευματική αυτή εμπειρία οι πιστοί προσέρχονταν στον Απόστολο Βαρνάβα.
Εύχομαι η διακοπή της ζωής στη Μονή μας να είναι προσωρινή και σύντομα με τη χάρη του Θεού να αναγεννηθεί και πάλι εδώ η μοναστική ζωή. Διότι, από εδώ πήραμε τα φώτα του Ευαγγελίου του Χριστού από τους αποστόλους Βαρνάβα, Παύλο και Μάρκο και από αυτούς ενταχθήκαμε στη γενεαλογία του Χριστού ως χριστιανοί. Διότι εδώ είναι ο χριστιανικός πνεύμονας της Κύπρου, όπως δίπλα μας στη Σαλαμίνα είναι ο ελληνικός πνεύμονας. Δεν είναι λοιπόν δυνατόν οι δύο αυτοί πνεύμονες της ζωής της Κύπρου να κατέχονται από τους Τούρκους.
Εύχομαι σύντομα ο Θεός να δώσει ώστε να ξαναρχίσει η ζωή στην Αμμόχωστο και σε όλες τις μονές και τους ναούς μας στις υπό κατοχή περιοχές μας.
Η ευλογία του αποστόλου Βαρνάβα να είναι μαζί με όλο τον κυπριακό λαό, αφού ο απόστολος Βαρνάβας είναι ο απόστολός μας και προστάτης μας».